（一）实验室日常运行管理：实验室实行学术委员会指导下的主任负责制。学术委员会由国内核物理领域著名专家组成，负责制定本实验室的研究方向和开放课题的审批。实验室按照广西重点实验室管理的有关规定，积极贯彻“开放、流动、联合、竞争”的运行管理方针，为国内外核物理研究领域的专家学者及工程技术人员提供学术交流和实验环境。实验室在运行管理与开放合作机制方面积极探索，通过边建设、边研究、边开放的方式，凝聚一批高水平的专家与学者，取得若干重要的成果，培养一批高素质的青年骨干人才及研究生。
实验室设主任1名，学术带头人1名。实验室主任负责组织学术年会，研究、发布实验室开放课题指南，负责客座研究人员的管理，运行经费的使用管理，设备的更新、引进，以及协调各研究方向的合作，负责实验室用房调配，为科研以及办公提供良好的环境。实验室另设专职管理人员1名，协助主任处理学术方面的日常管理工作。 针对基础研究与技术创新工作的不同性质，实验室对基础理论研究人员的考核周期一般为5年，技术与平台建设人员考核周期一般为3年。
（二）人员聘用及流动：实验室拥有相对独立的人事权，实行聘任制。聘任研究方向首席教授、专职助理和若干名专职研究人员等组成实验室固定人员。实验室将注意稳定一支高水平的技术队伍，注重引进高级人才，向国内外招聘杰出专家，充实各研究方向或新创相关研究领域。建立相应的聘用人员岗位业绩考核制度，考核结果与科研津贴挂钩，连续两次考核不合格者，实验室将名单上交学校作流动待聘人员处理。“竞争与合作”相结合的考核制度将有利于保持实验室人员的先进性与活力。
（三）仪器设备管理与使用：实验仪器的管理与维护是实验室的基础工作，实验室负责行政工作的副主任负责对仪器设备的日常管理，技术人员负责设备的维护。对于所有10万元以上的设备均分配到专人管理，负责设备的保养以及对使用人的培训等。每个大型设备均有独立的设备档案，记录设备的状态以及使用情况。实验室制定了详尽的“实验室仪器设备管理办法”，以保证设备的完好、共享和对外开放。
（四）实验室的开放合作：为保证实验室在国内的先进性，加强与国内有关研究院所和实验室的合作研究和交流，通过协同联合、校校及校所密切合作、校地互动、合作开发，形成一支高水平的科研及技术创新的队伍。同时，实验室欢迎国内学者自带课题入室研究，以实验室资助仪器使用费的方式，进行合作研究，促进学术思想和研究项目的交流。此外，实验室还设立开放性课题，鼓励研究人员在与实验室研究内容相关方向自由探索、创新。
